El Sistema de Protección Civil (en adelante, el Sistema) nace bajo la necesidad no solo de responder de manera reactiva a los desastres naturales, sino de adelantarse a estos a través de la planificación preventiva de acuerdo con las dinámicas que presentan las condiciones meteorológicas de la ubicación geográfica del país. Este se divide en comisiones a nivel nacional, departamental, municipal y comunal. Estas clasificaciones son importantes maneras de garantizar el flujo adecuado de información y recursos entre el gobierno central y las autoridades y comunidades locales. Sin embargo, existe un contraste entre los ámbitos en los que el Sistema debería tener un alcance efectivo, según la normativa que le rige, y las experiencias de comunidades en situación de riesgo a partir del funcionamiento de este en diferentes momentos.
El equipo de investigación de Cristosal brinda monitoreo constante a las violaciones en materia de derechos humanos, para brindar información oportuna y certera sobre las causas y efectos de estas sobre las poblaciones vulneradas. Alimentado por datos provenientes de instituciones Estatales, de sociedad civil y de cooperación internacional, sus publicaciones fortalecen la labor de defensa y promoción de los derechos humanos en el Norte de Centroamérica.